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发表于 2020-2-6 11:20 | 只看该作者 |只看大图 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
本帖最后由 圆圆圈圈 于 2020-2-12 16:41 编辑

搬运者说:看来4月份才有希望恢复原状。至于阴谋论,可以休矣。

[color=rgba(0, 0, 0, 0.298)]原创 [color=rgba(0, 0, 0, 0.298)]毕导 [url=]毕导[/url] [color=rgba(0, 0, 0, 0.298)]1周前

作为科研狗,我每天一睁眼就会水水新型冠状病毒相关的paper,看科学家们抗击疫情又有啥新进展。然而这几天我快要看吐了!看论文的速度根本跟不上发论文的速度啊!
1月30号,Nature上的一条新闻《China coronavirus: how many papers have been published?》指出,截至1月30日,至少有54篇关于新型冠状病毒的英文论文发表!
也太特么多了吧!许多微博网友们对此非常愤怒,狂喷中国专家学者只想发论文不想抗疫情,中国SCI体制害人,高福院士为了抢发paper不惜瞒报疫情,毫不顾及大众的生死。
无聊的阴谋论我向来是不屑的,但我更多的是震惊和疑惑:正常情况下发paper可谓是写一年投一年,修修补补又一年,总之就是一个慢。可这次咋发得这么快?审稿人也知道赶热点吗?
于是这两天我扒完了关于新冠病毒的所有学术文章!扒完后发现,事情跟大家想的还是有很大出入的。今天就来帮大家好好吃一吃学术瓜,分析一下新冠病毒究竟出了多少论文、该不该在这时候发这么多论文、中国科学家的表现如何。


01.现在究竟发了多少篇论文?
新冠病毒的文章数量在持续增长。截至2月3日,我总共找到了68篇展示如下:

最近一周的论文就有30篇,平均每天4.3篇!乍一看又是Science又是Nature又是柳叶刀的,非常唬人。按这个发展势头,本周内没准就能破百。
但你仔细看,这些都是学术论文吗?
并不!
我简单给大家科普一下。像Nature、Science,虽然上面的内容你都看不懂,但它们本质上是学术杂志
既然是杂志,就和娱乐杂志一样,是分很多文章类型的。像《知音》、《读者》上,除了散文杂文,还会有笑话栏目、摄影作品栏目、广告栏目……学术杂志也分Article、Comment、Editorial、News、Correspondence等等。
比如这是Nature厦门股票配资上的栏目。

大家听得最多的“学术论文”,指的是ArticleArticle就像八股文一样,有固定的套路和格式。不管发哪个期刊,基本都是Introduction /Experiment /Results & discussion /Conclusion几大部分,相当于“前人做了啥/我做了啥/给你看看结果/我牛逼”。
Article图文详实,工作量大,一般得做个半到一年实验才能凑够一篇的数据,发2-4篇article才能博士毕业。像下面这篇就是复旦2月3号在Nature发的Article。

Comment属于“学术评论”,根据现状或者别人的论文内容发表自己的感想。像下面这篇发在柳叶刀上的,看着很厉害,其实不是学术论文,是在呼吁数据共享、相互加油鼓劲。

论文部分内容

Editorial可以理解成“主编寄语”,由期刊编辑部发表演讲,主持下大局

前段时间我被好多公众号的文章刷屏,说《Science》重磅文章称武汉海鲜市场不是新型病毒的唯一来源!网友不禁感慨,这么重要的事居然是外国人先研究出来的,我们的科学家都是吃干饭的吗!


我仔细一看,这篇其实是Science上的News,也就是新闻报道,由Science的记者把事件、学术观点整合成深度稿件,并不是科学研究,也大可不必“震惊”。

这个新闻的作者Jon Cohen真的很厉害,文章也都很深刻,最近在Science保持着日更1-2篇冠状病毒新闻报道的水平但你要不仔细看的话,可能会觉得人家发science比毕导发公众号还多。
除了这几种还有其他的类型,在此就不一一介绍了。最后一番统计下来,这68篇论文中,Article占45篇。


45篇也不少吼,但其实它们并不都是正式发表了的学术论文。
这45篇Article主要分布在bioRxiV、medRxiV、柳叶刀、NEJM、Nature上。

其中柳叶刀的影响因子59.1,NEJM70.67,Nature43.07,都是超一流期刊。那bioRxiV、medRxiV这俩是啥呢?
我简单解释一下。一般论文发表的流程是:科研狗把论文投稿给学术期刊-期刊审稿-修改-通过-发表。从你投稿到论文正式发表,中间审稿、修改可能要几个月。
如果你比较着急,想让大家提前看到你的研究成果,你就可以在投稿之后,把论文在“预印本网站”上公布出来,供同行交流学习。bioRxiV、medRxiV就是俩预印本网站。

比如武汉病毒所2月3号发了一篇nature,宣布病毒很可能起源于蝙蝠。其实这篇文章1月22号就在预印本网站上公布过了,所以我们才能提前12天就知道病毒起源于蝙蝠。

那么45篇Article里,有多少是发在预印本上的呢?33篇。
所以这33篇论文,是已经投稿,但还没有审核通过,所以还不能把它当成学术界认可的科研成果。预印本上的论文向来良莠不齐,我要是愿意我前两天在B站上那个视频都能写篇论文投到预印本上去。
比如MedRxiv上吉大一位小哥的论文,我人生第一次见到自己挂自己通讯作者,一个人兼任一作、导师,拿自己的163邮箱当通讯邮箱的风骚操作。

论文主要是建了个模预测疫情的发展,然而整篇paper里居然就俩图!而且我没看错的话,第一张图就是各省市确诊病例数据吧?等于你自己就画了一张图就来投paper了吗!


像之前印度三哥在bioRxiv发了一篇神文,说新型冠状病毒与HIV病毒有相似性。三哥一通操作猛如虎,搞得中国群众都以为病毒是人为制造的!究竟是美国迫害中国的阴谋,还是武汉病毒所的恐怖实验!家族群里长辈们也是痛心疾首转了一波又一波。
但其实他的研究逻辑和方法是完全错误的,结论也是强行制造恐慌。后被一串科学家联手喷到退水,撤稿了。



左图:这个世界已经足够可怕,我们不需要通过错误的分析来激起阴谋论
说真的,我要是石正丽,这两天研究新冠病毒百忙之中还要抽时间出来给学术论文都没看过还听风就是雨的微博网民澄清各种阴谋论,我特么能被气死!
所以总结一下,刨去只在预印本上发布的文章,目前正儿八经的学术论文只有12篇。不过预印本上的虽然没正式发,但毕竟大部分是正经博士,也可以一看。
但千万记住:看不懂的东西不要随便信,更不要随便喷。


03.写这些论文的人咋这么有空?不去抗疫情吗?(1)论文都是哪些人写的?
给大家看看这12篇论文,7篇来自内地,3篇香港,2篇国外。

影响因子也是有高有低,上到顶刊NEJM,下到4区小刊。其实学术界也有“追热点”,这不是什么坏事,各国科学家都在实验室里努力帮我国攻克病毒,想想不觉得很燃吗!

(2)发表的论文都讲了些啥?

大部分是讲病毒传播模型的。就像我前段时间发的视频,不需要对病毒做实验,只要有各地的发病数据,就可以建个模一通计算猛如虎,然后预测未来的疫情发展。


有些是讲病毒分析的。利用各种先进的基因检测技术,对着病毒一通分析猛如虎,把它祖宗八代的RNA序列都给扒拉出来,方便诛连九族。

还有的是讲临床治疗的。大概就是向医生们介绍病例的临床表现以及合适的疗法。

论文的内容不同,工作量也不同。个人觉得,建模分析传播的论文明显写起来速度要更快,跑代码也比做实验简单很多,所以这类文章特别多。

目前正式发表的12篇里,3篇讲临床,4篇讲病毒,5篇讲传播。总之各领域研究全面开花,人类对病毒的理解在越来越透彻。

(3)有可能为了发论文而隐瞒病情吗?

先说结论:不太可能。阴谋论是把院士当傻子吗?他会缺这一篇论文吗?

前段时间网上被骂得很惨的CDC,分别于1月24日和29日在顶刊NEJM上发表了两篇论文。第一篇告诉全世界传统的方法可能无法区分新型冠状病毒和普通β冠状病毒,需要用特殊的方法来鉴定。


这篇没什么毛病,用最快的速度给出了病毒的RNA序列以及和其他冠状病毒的区别,方便了全球的医疗机构和学者做好预防和进一步研究的准备,中国牛逼!

饱受争议的是第二篇论文,CDC对已知的425个病例数据进行了回顾性调查,整理了一篇数据分析发了出来,文中最挨喷的是这一段:


喷之前得先搞懂什么是回顾性调查,我以数学题举一个粗糙的例子:做一道新的数学题时,脑子里一片空白,不知道该用哪一种方法做;但看过答案之后再做这道题,脑子的思路就非常清晰。


这篇论文在1月23日开始进行回顾性调查,一回顾才发现12月中旬的一组家庭传染的例子,大呼“哎呀妈呀原来是这么回事!” 这就被网友喷成狗了,说他“明知病毒人传人,却为了发表一手结论而隐瞒上报”。

他当时倒是想发现来着,但问题是当时也发现不了啊!网友们一个个事后诸葛亮谁不会?况且人家院士行走江湖什么paper没发过?为了一篇paper背一个历史级大黑锅,阴谋论也真会编。

(4)科学家发论文就是耽误抗疫情吗?
写论文的目的,是把自己的成果共享给全世界的学者,让大家都可以及时更新科学界对新冠病毒的认知水平,让全世界的科研力量都可以为抗击病毒做出贡献。这样既能集世界学术的力量攻克难关,又能督促国内科研不要放慢脚步。
所以发论文,本身就是他们抗疫情的工作之一!不要随便指责人家发论文不抗疫情了!你咋不质疑钟南山院士接受采访是耽误看病呢?
正如Nature今天发的Editoria所呼吁的,有疫情咱们全世界一起抗啊!

(5)为啥非要发英文论文?中国的病为什么不发中文论文让老百姓看?

因为,学术论文基本都是英文啊!把病毒研究写成中文论文,是想气死全球同行吗?
但是,只发英文论文,的确对国内民众很不友好。全国上下都在时刻关注着研究的进展,但大部分人不会去看原始论文。在媒体的二次传播过程中,就难免有误解、断章取义、阴谋论,乃至后续对CDC、武汉病毒所的谩骂和不信任。

在这种特殊时刻,如果有关注前沿的科研人员为国内大众进行正确的科普解读,不要老让造谣的人瞎带节奏,我想会是一件好事。

整天宅在家无所事事看paper的我会努力的……



04.那么现在的学术研究进展到哪一步了?
(1)关于病毒的传播能力

评价一个病毒的传染性强弱,有个非常重要的参数叫基本再生数R0(basic reproduction number),表示在自然传播下,一个患者平均会把疾病传染给多少个人。一定要注意这是不加管控的情况,如果隔离患者会有效地降低R0。

当年SARS的R0在2-5。最近港大的一篇柳叶刀估计新冠病毒R0为2.68,中国疾控中心的一篇NEJM估计R0在2.2,但也都大差不差,说明新冠病毒传染性属于比SARS弱一些或者差不多的水平。论文还预测了国内几个城市未来疫情情况,认为疫情会在4月前后到达顶峰。但如果做好隔离和防护,疫情的规模会明显降低。

不过随着咱们的抗疫级别越来越高,操作越来越熟练,R0也会被降得越来越低!我现在就希望3月疫情能进入尾声,4月能出门吃火锅……
  • 病毒研究方面


对病毒和治疗的研究速度非常振奋人心!目前我们已经清楚了它的基因序列,知道了它与蝙蝠[size=14.6667px]冠状病毒具有96%的相似性,与SARS冠状病毒有79.5%相似性。但从蝙蝠到人的“中间宿主”是啥还不清楚,也许是华南海鲜市场上的某种动物,比如北大某课题组认为是水貂。

2019-nCoV在细胞内的样子

能在这么短的时间完成这么多的工作量,这确实是像火神山一样的中国速度。
至于病毒进入人体的机理,应该用什么药治疗,也在越来越清晰。

最近李兰娟院士宣布了两种可能有效的药阿比朵尔和达芦那韦,美国的新药瑞得西韦也开始在我国测试。
相信控制疫情是迟早的事。

而在那之前普通民众能做的事情依旧是:少出门!戴口罩!


写在最后
这段时间全社会都在为对抗疫情努力贡献,科学家也是其中一人,发论文也只是一种手段。
以前大家paper都要悄悄发,生怕同行偷了自己的idea。但今天,柳叶刀、NEJM、Nature都加快审稿速度,呼吁科学家信息共享。不管是中国、英国还是日本学者,都纷纷提前发布在预印本上,供全球交流。
全世界学者们都希望尽早在全球同步疫情发展、推进研究,帮助中国攻克疫情。诚然,当前论文数量激增难免惹人非议,一堆人都在建模预测疫情走向,还有一些水文甚至臆测型研究论文的出现,免不了被大众批判“追热点”
科技部也于1月29日发出通知,不要把全部精力放在发论文上,“要勇挑重担,全力投入科技攻关任务,把论文写在抗击疫情的第一线”

但绝对不能忽视掉,科技部的通知还强调了:强有关实验数据、临床病例、流行病学统计等数据、成果的开放分享。

疾病面前,研究疾病也是重中之重,知己知彼,才能克彼。人们对病毒研究得越透彻,越有利于调整防治方案、控制疫情。
你可以随口说一句:“我早就猜到是武汉人吃野味搞的!”但这背后,是无数医学生们熬夜拿着移液枪分离毒株、确定序列、溯源追踪,最终发表论文,得到学术界认可,这事才算实锤了。
你可以跟你的亲朋好友自以为是地科普:“病毒都没药可医的,治愈的都是靠自身免疫力扛过去的。”但这背后,是一线的医生汇总成百上千个临床案例,一版又一版地更新治疗和用药方案,才终于让治愈人数超过了死亡人数。
你可以随意质疑:“我早猜到这病人传人了,最后确诊肯定SARS十倍起跳。”但这背后,是流行病学专家们走访、统计、建模、预测,才能谨慎地发表一个R0值,供同行审阅。
每篇论文每张图背后,都是科学家们掉的头发啊!

冷静下来,试着下载一篇论文读读看。估计看不懂,但至少能让我们增加一些对科学家的尊重。
SCI不害人。
为了发SCI而断章取义、让大众抢双黄连口服液的才害人。
所有人都想看真正有价值的研究成果,不是那些凑热闹的人搞出来的水货。
人民写论文的目的是为了服务于人民。论文只是用来确保权威性、告知大家疫情进展的工具,不该本末倒置,成为科研者追逐的目标。
那些奋战在实验室研究的科学家,和他们有价值的研究成果,也不应该成为网民口诛笔伐的目标
实验室,同样是他们拯救生命的战场。


另附论文出处:
新冠病毒论文合集

毕导 昨天

1、Chinese researchers reveal draft genome ofvirus implicated in Wuhan pneumonia outbreak      

2、World on alert for potential spread of newSARS-like virus found in China     

3、New SARS-like virus in China triggers alarm      

4、A mathematical model for simulating thetransmission of Wuhan novel coronavirus      

5、Genomic and protein structure modellinganalysis depicts the origin and infectivity of 2019-nCoV,a new coronaviruswhich caused a pneumonia outbreak in Wuhan,China      

6、Host and infectivity prediction of Wuhan 2019novel coronavirus using deep learning algorithm      

7、Functional assessment of cell entry andreceptor usage for lineage B β-coronaviruses,including2019-nCoV      

8、WHO panel puts off decision on whether tosound alarm on rapid spread of new virus      

9、Pattern of early human-to-human transmissionof Wuhan 2019-nCoV      

10、preliminary estimation of the basicreproduction number of novel coronavirus(2019-nCoV) in China,from 2019 to 2020:A data-driven analysis in the early phase of the outbreak        

11、Novel coronavirus 2019-nCoV:earlyestimation of epidemiological parameters and epidemic predictions      

12、Detection of 2019 novel coronavirus(2019-nCoV) by real-time RT-PCR

13、WHO says no need—yet—to declare spread ofnovel virus is an international emergency      

14、Clinical features of patients infectedwith 2019 novel coronavirus in Wuhan,China(20)30183-5/fulltext

15、A familial cluster of pneuminiaassociated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-persontransmission:a study of a family cluster    (20)30154-9/fulltext

16、Data sharing and outbreaks: best practiceexemplified       (20)30184-7/fulltext

17、A novel coronavirus outbreak of globalhealth concern       (20)30185-9/fulltext

18、Emerging understandings of 2019-nCoV       (20)30186-0/fulltext

19、From SARS-CoV to Wuhan 2019-nCoVOutbreak:Similarity of Early Epidemic and Prediction of Future Trends      

20、A novel Coronavirus from Patients withPneumonia in China        

21、A novel Coronavirus Emerging in China-KeyQuestions for Impact Assessment   

22、Return of the Coronavirus: 2019-nCoV      

23、The Extent of Transmission of NovelCoronavirus in Wuhan, China, 2020      

24、Estimates of the clock and TMRCA for2019-nCoV based on 27 genomes

25、Transmission dynamics of 2019 novelcoronavirus(2019-nCoV)      

26、Origin time and epidemic dynamics of the2019 novel coronavirus        

27、Wuhan seafood market may not be source ofnovel virus spreading globally  

28、Epidemiological characteristics of novelcoronavirus infection: A statistical analysis of publicly available case data      

29、Medical Journals and the 2019-nCoVOutbreak      

30、The incubation period of 2019-nCoVinfections among travellers from Wuhan, China      

31、Wuhan novel coronavirus 2019nCoV – updateJanuary 27th 2020      

32、Breaking down of the healthcare system:Mathematical modelling for controlling the novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak in Wuhan, China     

33、Estimating the effective reproductionnumber of the 2019-nCoV in China      

34、Can an anti-HIV combination or otherexisting drugs outwit the new coronavirus?  

35、Scientists are moving at record speed tocreate new coronavirus vaccines—but they may come too late      

36、Potent binding of 2019 novel coronavirusspike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody      

37、Risk of 2019 novel coronavirusimportations throughout China prior to the Wuhan quarantine      

38、Estimated effectiveness of travellerscreening to prevent international spread of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)      

39、The 2019-new Coronavirusepidemic:evidence for virus evolution      

40、Potential inhibitors for 2019-nCoVcoronavirus M protease from clinically approved medicines      

41、Insights into Cross-species Evolution ofNovel Human Coronavirus 2019-nCoV and Defining Immune Determinants for VaccineDevelopment      

42、Early Transmission Dynamics in Wuhan,China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia      

43、Real time estimation of the risk of deathfrom novel coronavirus (2019-nCoV) infection: Inference using exported cases      

44、potential of large 'first-generation'human-to-human transmission of 2019-nCov

45、Nucleotide Analogues as Inhibitors ofViral Polymerases      

46、Early evaluation of the Wuhan City travelrestrictions in response to the 2019 novel coronavirus outbreak      

47、Modelling the epidemic trend of the2019-nCOV outbreak in Hubei Province, China      

48、 Transmission of 2019-nCoV Infection froman Asymptomatic Contact in Germany      

49、Transmission and epidemiologicalcharacteristics of Novel Coronavirus (2019-nCoV)-InfectedPneumonia(NCIP):preliminary evidence obtained in comparison with 2003-SARS      

50、Reconciling early-outbreak preliminaryestimates of the basic reproductive number and its uncertainty: a new frameworkand applications to the novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak      

51、 Epidemiological and clinicalcharacteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan,China: a descriptive study       (20)30211-7/fulltext

52、Direct Measurement of Rates ofAsymptomatic Infection and Clinical Care-Seeking for Seasonal Coronavirus      

53、Uncanny similarity of unique inserts inthe 2019-nCoV spike protein to HIV-I gp120 and Gag已撤稿

54、The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV)uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 forentry into target cells      

55、Nowcasting and forecasting the potentialdomestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating inWuhan, China: a modelling study       (20)30260-9/fulltext

56、Highly Distinguished Amino Acid Sequencesof 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus)      

57、Early dynamics of transmission andcontrol of 2019-nCoV: a mathematical modelling study      

58、First Case of 2019 Novel Coronavirus inthe United States      

59、Effectiveness of airport screening atdetecting travellers infected with 2019-nCoV      

60、New coronavirus threat galvanizesscientists      

61、Mining coronavirus genomes for clues tothe outbreak’s origins      

62、Scientists urge China to quickly sharedata on virus linked to pneumonia outbreak      

63、Offline: 2019-nCoV outbreak—early lessons       (20)30212-9/fulltext

64、Estimating the Unreported Number of NovelCoronavirus (2019-nCoV) Cases in China in the First Half of January 2020: AData-Driven Modelling Analysis of the Early Outbreak  

65、Fast assessment of human receptor-bindingcapability of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)      

66、Potent neutralization of 2019 novelcoronavirus by recombinant ACE2-Ig

67、A pneumonia outbreak associated with anew coronavirus of probable bat originn   

68、A new coronavirus associated with humanrespiratory disease in China     

69、Remdesivir and chloroquine effectivelyinhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro      





沙发
发表于 2020-2-6 11:46 来自手机浏览器 | 只看该作者
说好的解读呢?
板凳
发表于 2020-2-6 12:33 来自手机浏览器 | 只看该作者
想看解读,搜索公众号:毕导
地板
发表于 2020-2-6 12:48 来自手机浏览器 | 只看该作者
只有文章名?
5#
发表于 2020-2-6 13:52 来自手机浏览器 | 只看该作者
一直看毕导公众号,有意思的东西还是很多的
6#
发表于 2020-2-6 13:57 来自手机浏览器 | 只看该作者
不明觉厉,过来看看
7#
发表于 2020-2-6 17:23 来自手机浏览器 | 只看该作者
这说明什么
8#
发表于 2020-2-6 21:49 来自手机浏览器 | 只看该作者
把论文发表在外国的期刊上,把病毒留在中国的大地上。现在的学者真是厉害。呵呵了。
9#
 楼主| 发表于 2020-2-7 14:36 来自手机浏览器 | 只看该作者

有链接啊,现在网页版打不开,复制黏贴比较麻烦。
10#
 楼主| 发表于 2020-2-7 14:37 来自手机浏览器 | 只看该作者
kuangkuang 发表于 2020-02-06 21:49
把论文发表在外国的期刊上,把病毒留在中国的大地上。现在的学者真是厉害。呵呵了。

不要被带节奏,那篇论文是回顾性综述。
11#
发表于 2020-2-7 14:43 来自手机浏览器 | 只看该作者
圆圆圈圈 发表于 2020-02-07 14:37
不要被带节奏,那篇论文是回顾性综述。

不是指那篇论文。
12#
发表于 2020-2-8 06:53 来自手机浏览器 | 只看该作者
很多是新闻报道,对相关论文的评论,
13#
 楼主| 发表于 2020-2-12 16:42 | 只看该作者

能上网页版了,特地把全文及图片复制过来了。
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